NGS解析（学外向けのサービスです）

静岡共同利用機器センター　ゲノム機能解析部では、ゲノム機能解析の中核となる次世代シーケンサーMiSeq(Illumina社製)を利用して、最先端のゲノム研究を推進しています。 このたび、これまでの学内向けゲノム研究支援だけでなく、学外からの受託解析にも取り組むこととなりました。 産学官からの要望に対して、これまで以上に積極的に応えていきたいと考えております。まずはお気軽にご相談ください。 ★ゲノム機能解析部で支援した 　次世代シーケンサーを用いた研究成果の論文リスト

本機関の特徴
・幅広いアプリケーションに対応可能です。
・サンプル処理から情報解析・データ登録までをトータルにサポート可能です。
・国外にサンプルを送る必要がありません。
・特に微生物分野においては複数の専門スタッフが細かなご相談にも対応いたします。
・他の分野においても、ご要望に応じて本学内の近い分野の教員をご紹介可能です。

サービス内容
物理的、あるいは酵素的に断片化したDNAからシーケンス用ライブラリを作製し、Sequencing by Synthesis法により塩基配列を解析します。
MiSeqの場合、一度に1フローセル当たり最大で約2,500万リード、12Gbの塩基配列データの取得が可能です。
ゲノム配列だけでなく、RNA-seq解析に対するプラットフォームが整っています。
・ゲノム解析 (De novo sequence, Resequence, Copy number analysis,
　　　　　　　Variant analysis)
・RNAシーケンス(真核生物、原核生物)
・メタゲノム解析(Amplicon sequence, Shotgun metagenome sequencing)
※上記以外の解析につきましても対応可能ですのでご相談ください。
　(解析の規模・内容・期間によっては対応できない場合もございます。)

利用料金（例）
・ゲノム解析(1サンプル、データ量250万リード(1.5Gb)、De novo sequenceの場合)
　\90,000/サンプル

・RNAシーケンス(6サンプル、データ量400万リード/サンプルの場合）
　\70,000/サンプル

・メタゲノム解析(8サンプル、データ量50万リード/サンプル、Amplicon sequenceの場合)
　\25,000/サンプル

※ライブラリ調整キットは下記表1、シーケンスキットは下記表2の試薬を使用します。
※メタゲノム解析(Amplicon sequence)は6サンプル以上で解析を実施し、5サンプル以下の場合は要相談とします。また1サンプルあたり50万リード(0.3Gb)取得すると想定します。
※上記料金が基準料金となります。利用料金の中に含まれるシーケンス料金は、想定する取得データ量に応じて受託解析価格を確定し、原則的に前払いにて請求させて頂きます。

表1　ライブラリ調整キット

解析内容	メーカー	製品番号	製品名	必要な核酸量(ng)※	備考
ゲノムDNA	Illumina	20015962	TruSeq DNA PCR Free Library Prep Kit	2200
	Illumina	20015964	TruSeq Nano DNA Library Prep Kit	200
RNA (真核生物)	NEB	E7765L	NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA Library Prep	10-1,000	Total RNA
RNA (原核生物)	NEB	E7765L	NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA Library Prep	1-100	mRNA

※RNA(原核生物)はRibo-zero(Illumina)、あるいはRiboMinus(Thermo Fisher 　　　Scientific)で前処理を行うため、1,000-5,000ngのTotal RNAが必要です。

表2　シーケンスキット

解析内容	カタログ番号	製品名	取得可能なデータ量 (Gb)	取得可能なデータ量 (万リード)
ゲノムDNA メタゲノム	MS-102-3003	MiSeq Reagent Kit v3(600 Cycles)	15	2,500
RNA	MS-102-3001	MiSeq Reagent Kit v3(150 Cycles)	3.75	2,500

ご依頼方法
申込書あるいは解析依頼書に必要事項をご記入の上、下記連絡先にお送り下さい。
また解析に関するご質問等も下記連絡先へお願いします。
ご依頼方法に関する詳細や注意事項はこちら(次世代シーケンサー(MiSeq)ご利用の注意事項について)をご覧ください。

・受託解析相談申込書
・解析依頼書(ゲノム解析)
・解析依頼書(RNAシーケンス)
・解析依頼書(メタゲノム解析)


連絡先：kyoudou2★suml.cii.shizuoka.ac.jp (★を@に変えて下さい)